Ngày 22/5/2013 Bộ Tài chính ban hành công văn số 6421/BTC-TCT hướng dẫn xử lý hóa đơn GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu ra nước ngoài như sau: 

Trường hợp doanh nghiệp xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ nhưng chưa nắm bắt kịp thời thay đổi quy định tại Thông tư số 153/2010/TT-BTC ngày 28/9/2010 của Bộ Tài chính nên vẫn xuất hóa đơn GTGT thay vì xuất hóa đơn xuất khẩu thì:

_  Nếu cơ quan thuế chưa công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại doanh nghiệp thì: doanh nghiệp thực hiện hủy hóa đơn GTGT đã xuất, đồng thời lập lại hóa đơn xuất khẩu và thực hiện kê khai điều chỉnh bổ sung theo quy định. 

_  Nếu cơ quan thuế đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại doanh nghiệp thì Cục thuế kiểm tra cụ thể nếu thực tế hàng hóa, dịch vụ của doanh nghiệp đã thực xuất khẩu, hồ sơ của doanh nghiệp đáp ứng được đầy đủ các điều kiện khấu trừ, hoàn thuế đầu vào đối với hàng xuất khẩu theo quy định; riêng hóa đơn doanh nghiệp vẫn xuất hóa đơn GTGT thay vì phải xuất hóa đơn xuất khẩu, hóa đơn vẫn còn lưu tại quyển. Đồng thời, tại kỳ hoàn thuế doanh nghiệp đã thực hiện hạch toán kế toán doanh thu, chi phí của hàng xuất khẩu trên sổ kế toán, số hợp đồng bán hàng xuất khẩu, tờ khai hải quan, INVOICE, chứng từ thanh toán qua ngân hàng theo quy định thì cơ quan thuế xem xét để doanh nghiệp được kê khai, khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào tương ứng của các lô hàng xuất khẩu. 

Kể từ thời điểm ban hành công văn số 6421/BTC-TCT ngày 22/5/2013, các đơn vị phải thực hiện sử dụng hóa đơn xuất khẩu khi xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ theo quy định.

Xem toàn bộ công văn tại đây.